在2018年,韋德威爾森使用機堡的時光錶從他所屬的10005號宇宙前往616號宇宙(即神聖時間線),他向快樂霍根請求加入復仇者,但遭到拒絕。
六年後,韋德從死侍的身份退休,並在與女友凡妮莎分手後成為了一名二手車銷售員。在韋德的生日派對上,時間變異管理局探員悖論先生派人捉走了韋德,並邀請他加入616號宇宙。韋德對此十分興奮,並穿上戰鬥服再度成為死侍。但悖論先生透露,金鋼狼是10005號宇宙的定錨,由於金鋼狼之死,這個宇宙正在慢慢步向滅亡。他表示,因為時變局近期改變了政策,不再主動刪減時間線,因此他打算親自加速這個宇宙的滅亡。死侍不想失去他的家和朋友,於是偷走了悖論先生的「時光平板」,走到金鋼狼的墓前試圖復活他,但發現只剩下一具亞德曼金屬骨骼屍體,死侍於是穿越多元宇宙尋找金鋼狼的變體,以取代他的宇宙的金鋼狼。
在遇到不同的金鋼狼的變體後,死侍把其中一個在酒吧裡飲酒的金鋼狼帶回時變局,悖論先生告知死侍這個金鋼狼是整個多元宇宙中最差的金鋼狼,隨即把他倆刪減進「虛空」。在虛空,死侍和金鋼狼遇上霹靂火,但三人隨即被火人等人抓住並送到卡珊德拉諾瓦面前。諾瓦展示了她操縱心靈的力量,並解釋說時變局同意讓她留在虛空空間成為幫派領袖。她殺死了霹靂火,並入侵死侍心靈讓他認為自己沒什麼用。死侍掙脫後,試圖和金鋼狼一同擊敗諾瓦但失敗。虛空中的怪物「玉衡」接著出現,死侍和金鋼狼在玉衡吞噬他們之前逃脫。
逃脫後,死侍和金鋼狼前往虛空的邊緣地帶尋找抵抗勢力以對抗諾瓦及其部隊。但途中金鋼狼發現死侍瞞騙他,讓他以為時變局有機會修復金鋼狼所屬的宇宙,兩人在車內大打出手並雙雙昏迷。X-23及後出現並把他們送到抵抗勢力的基地,在那裡他們遇到了抵抗成員幻影殺手、刀鋒戰士和金牌手。抵抗勢力想與死侍和金鋼狼聯手對抗諾瓦,但金鋼狼拒絕合作。晚上X-23與金鋼狼談話,金鋼狼透露他無法拯救其所屬宇宙的X戰警的過去,但X-23最終成功勸說了加入抵抗勢力。抵抗勢力與諾瓦的部隊進行交戰時,諾瓦入侵了金鋼狼的心靈,但死侍及時把紅坦克的頭盔戴在她頭上阻擋了她的能力。火人出現並射傷諾瓦,揭示自己是悖論先生的臥底,被派來殺死她。金鋼狼說服死侍摘下頭盔好讓諾瓦治癒,而作為回報,諾瓦使用魔法師的靈戒打開了一個傳送門,讓他們回到死侍的宇宙。
在10005號宇宙中,死侍和金鋼狼發現悖論先生已經完成設置「時間開膛手」,一個可以迅速殺死時間線的裝置,而他打算在未經上級許可的情況下使用它摧毀死侍的宇宙。諾瓦在入侵火人的心靈後也得悉此事,於是通過另一個傳送門趕至這個宇宙並控制了時間開膛手,她打算摧毀所有時間線,只留下虛空,以報復悖論先生的背叛。諾瓦召喚了一群死侍變體「死侍軍團」去阻攔死侍和金鋼狼,但彼得的出現使死侍軍團停手。
悖論先生告訴二人可以通過讓時間開膛手的能量流短路以制止諾瓦的行動,但這將會導致他們的身體被能量流原子化。死侍和金鋼狼利用他們的身體作為導體摧毀了時間開膛手,並殺死了諾瓦。因兩人聯手分擔了傷害,使他們成功生還。時變局的獵人B-15趕至並逮捕了悖論先生。
死侍請求B-15把在虛空的抵抗勢力送回各自的宇宙,而B-15告訴他,死侍的宇宙不再步向滅亡。死侍希望B-15能改變金鋼狼的過去,但B-15告訴死侍,金鋼狼的過去使他成為拯救死侍的宇宙所需的錨,因此沒有理由再去改變。死侍把金鋼狼和X-23帶去見他的朋友,並在金鋼狼的鼓勵下與凡妮莎重修舊好。